醫療器械環氧乙烷氣相色譜儀要分析的樣品往往是復雜基體中的多組分混合物，對含有未知組分的樣品，首先必須將其分離，然后才能對有關組分進行進一步的分析。混合物的分離是基于組分的物理化學性質的差異，醫療器械環氧乙烷氣相色譜儀主要是利用物質的沸點、極性及吸附性質的差異來實現混合物的分離。
待分析樣品在汽化室汽化后被惰性氣體(即載氣，一般是N2、He等)帶入氣相色譜儀色譜柱，由于樣品中各組分的沸點、極性或吸附性能不同，每種組分都傾向于在流動相和固定相之間形成分配或吸附平衡。但由于載氣是流動的，這種平衡實際上很難建立起來，也正是由于載氣的流動，使樣品組分在運動中進行反復多次的分配或吸附/解附，結果在載氣中分配濃度大的組分先流出色譜柱，而在固定相中分配濃度大的組分后流出。
當組分流出色譜柱后，立即進入檢測器，檢測器能夠將樣品組分的存在與否轉變為電信號，而電信號的大小與被測組分的量或濃度成比例，當將這些信號放大并記錄下來時，就形成了色譜圖。
醫療器械環氧乙烷氣相色譜儀載氣的性質對柱效和分析時間有影響；當載氣的質量較小時，載氣的相對質量優于載氣的相對質量；使用輕載氣有助于提高分析速度，但柱效低；低速時最好使用，既能提高柱效，又能降低噪音；此外，載氣的選擇應從檢測器的靈敏度考慮。
醫療器械環氧乙烷氣相色譜儀中如何選擇理想的柱溫操作條件？
1、柱溫一般在或略低于分析物的平均沸點；
2、柱溫不得高于固定溶液的最高工作溫度，且不得低于樣品分解溫度；
3、特殊情況下，柱溫也可以遠低于柱溫(環己酮中的環己基過氧化氫色譜分析中環己酮的沸點在160度以上，峰型和峰速非常好使用柱溫55度時)。
